Самое древнее свидетельство использования зубочисток учёные обнаружили, исследуя ископаемую челюсть Homo antecessor, древнего человека, жившего 1,2 миллиона лет назад. Между зубами были обнаружены древесные волокна, что, по словам учёных, свидетельствует о том, что древние люди пользовались кусочками дерева в качестве зубочисток.
Ранее зубочистки также делали из серебра и даже камня. Например, персонаж древнеримского романа «Сатирикон» (I век н. э.) Трималхион на пиру ковыряет в зубах серебряной зубочисткой, а в исламских странах зубочистки делают из халцедона.
В 1872 году Силас Нобле и Дж. П. Кули запатентовали первую машину для производства зубочисток. Размер зубочистки, мм. 2х2х65.